고려대, 서울대, 연세대, 한양대(이상 가나다 순) 등 인서울대학들이 평가를 거부한다는 공식입장을 내놓았다. 거기다가 지방에 소재한 국립/사립대 중에서도 상당수 학교가 매년 중앙일보에서 요구하는 자료 제출을 거부하는 방식으로 평가 자체를 거부하고 있는 상황. 또한 각 학교 총학생회에서도 언론사의 대학평가에 반대하는 성명을 발표하기도 하였다. 하지만 중앙일보는 이에 굴하지 않고 계속 발표해오고 있다.

굳이 대학 줄세우기 그 자체에 대한 옳고 그름을 따지기 이전에 저 지표가 제대로 된 줄을 세우는 것인지에 대한 검증 자체도 되지 않은 상태이며, 대학의 줄을 세우는 것이 얼마나 의미있는 일인지에 대해서도 생각을 해 볼 필요가 있는 일이다. 교육적으로 바람직한 것이 아니다. 로비의 대상이 될 가능성만 높여놓은 것일 뿐 진정한 의미의 대학평가라고 볼 수 있는 객관적인 근거는 중앙일보의 주장 외에는 없는 실정이다