오후 7시에 시작하는 바둑리그와 한국기원 직원 업무 시간이 서로 다른 점도 문제였다. 한국기원 사무국 직원이 오후 6시에 퇴근을 하기 때문에, 사실상 기전·리그 담당자가 없는 상태로 바둑리그가 진행됐다. 매주 목~일요일, 주 4일 동안 펼쳐지는 바둑리그 현장에 한국기원 대회운영팀(과거 기전팀·리그팀) 직원은 찾아볼 수 없었다. 결국 한국기원 바둑TV 부서에서 근무하는 방송 담당자들이 대회 운영의 일정 부분을 맡은 셈이었지만, 각종 문제 상황을 대처하기에는 역부족이었다. 

여타 스포츠에서는 협회 직원들이 대부분 경기가 열리는 시간에 근무를 하고, 이는 당연한 상식이다. 쿠키뉴스는 한국기원 고위급 관계자에게 바둑리그가 위기에 놓인 상황에서, 일부 직원들만이라도 근무 형태를 바꿔서 현장을 지킬 수 있도록 운영해야 하는 게 아닌지 질의했고, 이에 대해 해당 관계자는 “직원들 근로 계약상 업무 지시를 하기 어려운 부분이 있다”고 답변했다. 

이와 같은 부분은 다음 시즌 바둑리그에서는 개선이 필요한 점으로 지적된다. 과거 20년 전, 한국기원에서 열리는 프로 대국은 오전 10시에 시작하는 기전이 대부분이었다. 그러나 현재는 바둑리그를 비롯해 많은 기전에서 오후 7시 대국을 채택하고 있다. 이는 한국기원이 운영하는 바둑TV 생방송 시간을 고려한 조치다. 제반 상황이 크게 바뀌었음에도 근무 시간은 바뀌지 않으면서 바둑리그 운영상 문제에 대응하기 어려운 모습이 나타났다.