사람들이 자기가 아는데로 쓰고 읽으려 드는건 맞음. 근데 통용표기법은 오히려 일본인들한테 일본어를 한글로 옮기라고 하면 가장 직관적으로 옮길수 있는 표기법에 가까워
장음같은경우도 외국인들이야 장음으로 인식하지만 정작 자기들은 오우로 인식하는 경우가 많아.(밥맛을 밤맛으로 발음하지만 우린 인식 못하는것처럼.) 어두의 청음탁음도 일본어 글자에서는 구별되는건데 표준외래어표기법에선 구분안되니까 나눠쓰는거고.

츠/쓰나 어두의 카/가 같은건 그리고 실제로도 들어보고 굳이 어디가 가깝냐라고 한다면 전자고.(물론 헷갈릴때는 있다. 그건 영어 l/r 같은것도 마찬가지잖냐)
가장 중요한걸로 안그래도 동음이의어 천지라서 한자안쓰면 소통안되는 일본어를 청음 탁음, 장음까지 줄여놓으면 거의 의미구별이 불가능하다는 실용적인점도 크게작용함