비상진료체계에서 적용했던 상급종합병원과 포괄2차 종합병원에서의 응급실 전문의 진찰료 가산(권역·전문응급의료·권역외상센터 100%, 지역응급의료센터 150% 가산), 응급·중증수술 가산(권역·전문응급의료·권역외상센터·지역응급의료센터·지역응급의료기관 150% 가산)은 본수가로 전환한다.

이에 따라 응급실 이용료와 응급·중증 수술의 환자 부담금이 높아진다. 이전까지는 가산료를 정부가 지원했지만 본수가로 전환되면서 수가의 법정 본인부담금 만큼을 환자가 추가로 지급해야 해서다. 법정 본인부담률은 외래의 경우 종합병원은 진료비의 40%, 상급종합병원은 50%, 100%(경증질환 외래진료 등)다. 입원은 20%다. 산정특례의 경우 암환자는 5%, 희귀난치질환자는 10%다.