1. 두 모음 사이에 낀 자음을 앞 글자의 종성으로 써야 하는지 뒤 글자의 초성으로 써야 하는지 고민하게 됐음

예를 들어 '드러내다'와 '들어내다'를 구별해야 하게 됐고, '건드리다'를 '건들이다'로 잘못 쓰기도 함

풀어 쓰는 문자 체계를 썼다면 자음을 어느 위치에 쓸지 고민하지 않아도 됨. 그냥 ㄷㅡㄹㅓㄴㅐㄷㅏ, ㄱㅓㄴㄷㅡㄹㅣㄷㅏ로 쓰면 그만이니까

외래어를 받아들일 때도 '레모네이드'냐 '레몬에이드'냐로 고민 안 해도 됨

2. ㄴ 첨가, 경음화(사이시옷), 격음화(사이히읗) 등을 반영하기 어렵게 됐음

모아쓰기로 인해 글을 음절 단위로 인식하게 되면서 '순댓국'을 일단 '순/댓/국'으로 인식하게 되고 사이시옷을 어색하게 여기게 됐음
풀어 쓰는 문자 체계였다면 ㅅㅜㄴㄷㅐㅅㄱㅜㄱ으로 쓴 뒤 ㅅㅜㄴㄷㅐ/ㅅ/ㄱㅜㄱ으로 자연스럽게 나눌 수 있고 사이시옷을 어색하게 여기지 않게 됨
(만약 ㅅ이 [s]인지 경음화 부호인지 헷갈릴 우려가 있다면, 경음화를 나타내기 위해 아예 새로운 부호나 자모를 도입하는 것도 어렵지 않음)

'색연필'[생년필]의 ㄴ 첨가는 풀어 쓰는 문자 체계였다면 쉽게 반영할 수 있음. 그냥 ㅅㅐㄱㄴㅕㄴㅍㅣㄹ로 쓰면 그만이니까
만약 형태소 구분이 필요한 경우라면 ㅅㅐㄱ/ㄴ/ㅕㄴㅍㅣㄹ로 나누면 그만임

'눈가'[눈까]는 앞에 종성이 있어서 사이시옷이 못 들어간 건데, 풀어 쓰는 문자 체계였다면 그냥 ㄴㅜㄴㅅㄱㅏ로 쓰면 그만임

'암탉'은 본래 '암ㅎ+닭'인데, 풀어 쓰는 문자 체계였다면 격음화를 어떻게 반영할까 고민할 필요 없이 그냥 ㅏㅁㅎㄷㅏㄹㄱ으로 쓰면 그만임