'예'는 높임말이기만 하면 어느 높임법에든 어울리는데

'아니요'는 보조사 '요'가 붙어 있어서 해요체에 어울림.

(일례로 해요체를 금지하는(또는 금지했던) 군대에서는 '아니요'는 사용 불가)


그렇다고 '응요-아니요' 이럴 수도 없고.