(제1부) 2025. 10. 30. 선고 2024허15257 판결

□ 권리내용[특허권]
유리체내 투여에 적당한 VEGF 길항제 제형
□ 원심심결
특허심판원 2024. 10. 31. 자 2022당3445 심결
□ 사건명

등록무효(특)
□ 참조조문

특허법 제42조 제3항 제1호
□ 참조판례
대법원 2025. 6. 26. 선고 2024후10115 판결, 대법원 2024. 1. 11. 선고 2020후10292 판결

□ 판시사항
1. 명세서, 발명의 설명의 기재를 고려할 때 청구범위의 활성성분은 문언 그대로 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 서열을 포함하는 VEGF 길항제’로 해석해야 하고, ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 27-457을 포함하는 단백질’로 해석할 수 없다고 판단한 사례

 

2. 발명의 설명에 활성성분을 생산하는 방법이나, 활성성분에 첨가제 등을 조합하여 안정한 제형을 제공하기 위한 방법이 구체적으로 기재되어 있지 아니하여, 통상의 기술자가 이 사건 특허발명을 정확하게 이해할 수 있고 동시에 재현할 수 있는 정도로 기재되어 있다고 볼 수 없어 특허법 제42조 제3항 제1호에 위배된다고 판단한 사례

□ 사안의 개요
원고는 특허심판원에 피고를 상대로 ‘이 사건 특허발명은 명세서 기재요건을 충족하지 않고, 이 사건 특허발명의 청구항 제1 내지 4, 10항은 선행발명 1 내지 4의 결합에 의하여 진보성이 부정된다’고 주장하면서 이 사건 특허발명에 대한 등록무효심판을 청구하였다. 위 무효심판 절차에서 피고는 2024. 6. 20. 이 사건 특허발명의 청구범위를 정정하는 정정청구를 하였다. 특허심판원은 위 심판청구를 2022당3445로 심리한 다음, 2024. 10. 31. ‘피고의 정정을 인정한다. 이 사건 특허발명은 명세서 기재요건을 충족하고, 선행발명 1 내지 4의 결합에 의하여 진보성이 부정되지 않는다’는 이유로 위 심판청구를 기각하는 심결을 하였다. 피고는 이 사건 소송계속 중이던 2025. 7. 7. 특허심판원에 이 사건 특허발명의 청구범위를 정정하는 정정심판을 청구하였다. 특허심판원은 위 심판청구를 2025정66으로 심리한 다음, 2025. 8. 29. 이를 인용하는 심결을 하였고, 위 심결은 그대로 확정되었다.

□ 판결요지 청구인용 (심결 취소)

 

1. 이 사건 특허발명의 청구범위 해석

 

가. 구체적 판단
이 사건 특허발명은 혈관 내피 성장 인자(VEGF)를 억제할 수 있는 약제를 포함하는 유리체내 투여에 적당한 약학 제형 및 이러한 제형을 제조하고 사용하는 방법에 관한 발명인데, 청구항 제1, 5항은 활성성분을 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 서열을 포함하는 VEGF 길항제로서 포유동물 셀라인에서 제조된 것’으로 기재하고 있다. 아래의 사실 및 사정을 종합하여 보면, 이 사건 특허발명의 청구항 제1, 5항의 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 서열을 포함하는 VEGF 길항제’는 문언 그대로 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 서열을 포함하는 VEGF 길항제’로 해석된다.


1) 이 사건 특허발명의 명세서는 활성성분으로 특정 순서대로 배열된 아미노산 서열을 포함하는 화합물을 기재하고 있다. 단백질을 다른 단백질과 분별할 수 있게 하는 가장 근본적인 실마리는 아미노산 서열이다.

2) 이 사건 특허발명의 청구범위에는 활성성분으로 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 서열’이 기재되고 있고, 이 사건 특허발명 명세서의 서열목록에는 SEQ ID NO:4가 ‘458개 아미노산이 인공적으로 합성된 서열을 가진 단백질’로 기재되어 있어 1번부터 458번 위치를 구성하는 각 아미노산의 종류 및 결합 순서를 모두 확인할 수 있다. 위와 같은 기재내용으로부터, 특허출원인이 특허로써 보호받고자 하는 단백질이 분명하게 특정된다.

 
3) 이 사건 특허발명의 발명의 설명에도 ‘VEGF-특이적 융합 단백질 길항제’의 구체예로 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 서열’이 기재되어 있다. 따라서 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 서열을 포함하는 VEGF 길항제’를 포함하는 이 사건 특허발명의 청구범위 기재가 명백한 오기라고 할 수도 없다.

 

4) 이 사건 특허발명의 발명의 설명은 ‘여기 사용된 용어는 특정 구체예를 기술하기 위한 목적일 뿐이며, 제한을 의도하지 않으며, 본 발명의 범위는 첨부한 청구범위에 의해서만 제한될 것임을 이해하여야 한다’라고 전제하고 있고, ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 27-457을 포함하는 단백질’을 ‘특정 구체예’로서 언급하고 있다. 위와 같은 기재내용을 볼 때, 이 사건 특허발명의 활성성분을 청구범위의 문언과 달리 ‘SEQ ID NO:4의 아미노산 27-457을 포함하는 단백질’로 한정할 수 없다.

 
나. 피고의 주장에 대한 판단

 1) 피고는 이 사건 특허발명의 발명의 설명 등을 참작하면 ‘SEQ ID NO:4의 VEGF 길항제’는 ‘신호서열’과 ‘클리핑 현상’에 의해 ‘서열번호 4의 1-26 아미노산 서열’과 ‘458번 아미노산 서열’이 제거된 ‘서열번호 4의 27-457 아미노산을 포함하는 단백질’로 해석되어야 한다고 주장한다. 그러나 이 사건 특허발명의 청구범위는 활성성분인 단백질의 아미노산 서열이 명확하게 이해할 수 있게 기재되어 있어 문언 그대로 해석되어야 한다. 설령, 이 사건 특허발명의 발명의 설명 기재 등을 보더라도, 통상의 기술자는 서열번호 4의 아미노산을 포함하는 VEGF 길항제가 이 사건 특허발명이 제공하려는 약학 제형에 포함되는 단백질 중 하나임을 명확히 이해할 수 있는 점, 이 사건 특허발명은 VEGF 길항제 단백질을 그 단백질이 가지는 아미노산 서열 자체로 특정하고 있는 점, 이 사건 특허발명의 명세서에 ‘신호서열’의 존재를 인식할 수 있는 기재가 없는 점 등에 비추어 보면, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

 

2) 피고는 이 사건 특허발명은 ‘제형’ 발명이므로 임상적으로 실제 의도하는 약리효과를 달성할 수 있는 성숙한 형태의 공지 단백질이 활성성분으로 포함된 것으로 해석해야 한다는 취지로 주장한다. 제형 발명 중 공지 물질을 투여에 적합하도록 제제학적 성질을 개선한 발명이 많기는 하나 신규 물질을 공개하거나 의약용도를 제공하려는 특허출원의 청구범위에 제형 발명도 얼마든지 포함될 수 있는 점, 이 사건 특허발명의 발명의 설명에 기재된 ‘약학적으로 허용가능한’의 의미는, 인체에 안전하게 투여될 수 있어야 한다는 것이지 이 사건 특허발명이 의도하는 약효가 실제로 달성되어야 하는 것을 뜻하지 않는 점 등을 종합하면, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.


3) 피고는 이 사건 정정발명의 우선일 이전에 ‘애플리버셉트’ 물질특허가 이미 공개된 상태였고 그 물질특허에 서열번호 4의 아미노산 1-26이 신호서열에 해당한다고 명시되어 있을 뿐만 아니라, 이 사건 정정발명에 인용된 문헌에도 같은 취지의 기재가 있는 점을 고려할 때, 당시 기술수준을 참작하면 통상의 기술자는 이 사건 정정발명의 서열번호 4의 아미노산을 포함하는 단백질이 서열번호 4의 아미노산 27-457의 아미노산을 포함하는 단백질과 제제학적으로 동일한 단백질에 해당하는 것으로 분명하게 인식할 수 있다고도 주장한다. 그러나 이 사건 특허발명의 청구범위 해석을 위하여 피고 주장과 같은 별도의 자료를 참작할 필요성이 없고, 설령 참작할 수 있다고 하더라도 아래와 같은 사실 및 사정을 종합하면, 피고의 위 주장을 받아들일 수 없다.

 
가) ① 위 물질특허는 아미노산 서열로만 특정된 이 사건 특허발명의 청구범위와 달리 그 단백질을 암호화하는 핵산 서열까지 동시에 기재하고 있으므로, 그 문언의 기술적 의미가 이 사건 특허발명과는 다르게 해석될 여지가 있는 점, ② 서열번호 4의 단백질과 위 물질특허의 Flt1 단백질은 일부 아미노산 서열이 공통되기는 하나, 전체 아미노산의 길이 및 조성이 서로 다른 점, ③ 단백질 생산 과정 중 신호서열 뒤에 붙는 아미노산 서열이 달라지면 다양한 신호 수용체 상호작용에 영향을 미쳐 신호서열의 기능에 영향을 줄 수 있다는 점이 이 사건 특허발명의 우선일 이전에 이미 알려져 있었던 점, ④ Uniprot에 SEQ ID NO:4의 전체 서열을 입력하면, Flt1과 달리 서열이 100% 일치하는 단백질이 검색되지 않아 아미노산 1-26이 신호서열인지 알 수 없는 점, ⑤ 설령 아미노산 1-26을 신호서열로 보더라도, 그 서열이 제거되지 않은 단백질 생산도 가능하다는 점 등을 종합하여 보면, 통상의 기술자가 이 사건 특허발명의 우선일 당시 이 사건 특허발명의 서열번호 4의 단백질에서 아미노산 1-26이 신호서열로 작동하여 최종적으로 제거되는 것으로 인식하였을 것이라고 단정할 수 없다.

 

나) ① 이 사건 특허발명의 발명의 설명에 인용된 문헌의 VEGF-트랩은 여러 VEGF-Trap 변이체를 포괄하는 표현이므로, 이 사건 특허발명의 발명의 설명의 ‘VEGF 트랩 길항제’가 하나의 특정 융합 단백질만을 가리키는 것이라고 보기 어려운 점, ② 위 문헌에는 단백질의 서열정보가 직접적으로 제시되어 있지 않을 뿐만 아니라, 신호서열에 대하여도 별다른 언급이 없는 점 등을 종합하여 보면, 서열번호 4의 단백질이 이 사건 특허발명의 출원 당시 알려진 VEGF 트랩 길항제 중 서열번호 4의 27-457 아미노산을 포함하는 단백질만을 의미한다고 보기는 어렵다.

2. 발명의 설명 기재요건 충족 여부

 

아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 특허발명의 발명의 설명에는 이 사건 특허발명의 활성성분을 생산하는 방법이나, 활성성분에 첨가제 등을 조합하여 안정한 제형을 제공하기 위한 방법이 구체적으로 기재되어 있지 아니하다. 이 사건 특허발명의 발명의 설명은 통상의 기술자가 그 발명을 쉽게 실시할 수 있도록 명확하고 상세하게 적혀있다고 할 수 없으므로, 이 사건 특허발명은 특허법 제42조 제3항 제1호에 위배된다.

 
가. 이 사건 특허발명의 발명의 설명에는 ‘VEGF 길항제는 CHO 세포와 같은 포유동물 셀라인에서 발현되고 번역 후 변형될 수 있다’, ‘본 발명의 방법 및 제형의 VEGF 길항제는 당업계에서 공지된 또는 공지될 어떤 적당한 방법으로 제조될 수 있다’라고 기재되어 있다. 그런데 포유동물 세포주에서 서열번호 4의 아미노산 서열을 갖는 단백질을 생산하는 것은 현실적으로 불가능하거나 극히 어렵다고 인정된다. 따라서 통상의 기술자가 과도한 실험이나 특수한 지식을 부가하지 않고서 발명의 설명에 기재된 사항에 의하여 서열번호 4의 아미노산 서열을 갖는 단백질을 생산할 수 있다고 보기는 어렵다.

 
나. 이 사건 특허발명의 발명의 설명에서 제시하고 있는 서열번호 4의 아미노산 서열을 갖는 단백질을 제조하는 방법의 실시예는 모두 ‘서열번호 4의 아미노산 27-457을 갖는 단백질을 구성요소로 포함하는 애플리버셉트’에 관한 것으로 서열번호 4의 아미노산 서열을 갖는 단백질에 적용할 경우 그 특성의 차이로 인해 저장 안정성이 동일할 것으로 기대하기 어려우므로, 위와 같은 발명의 설명 기재만으로는 통상의 기술자가 이 사건 특허발명을 통해 달성하려는 약학 제형의 안정성 효과를 명확하게 이해하고 용이하게 재현할 수 있다고 보기 어렵다.

□ 판결의 의의
명세서, 발명의 설명의 기재를 고려하여 청구범위를 문언 그대로 해석하고, 그에 기초하여 이 사건 특허발명의 발명의 설명은 통상의 기술자가 그 발명을 쉽게 실시할 수 있도록 명확하고 상세하게 적혀있다고 할 수 없다고 본 사안