감사원은 국회·법원·헌법재판소에 소속된 공무원을 대상으로는 직무감찰을 할 수 없으나, 중앙선거관리위원회 소속 공무원을 대상으로는 직무감찰을 할 수 있다.


헌법은 감사원이 법률에 저촉되지 않는 범위 안에서 감사에 관한 절차, 감사원의 내부 규율과 감사사무 처리에 관한 규칙을 제정할 수 있도록 규정하고 있다.


감사원은 세입·세출의 결산을 매년 검사하여 대통령과 차기국회에 그 결과를 보고하여야 한다.