해커라는 낱말 자체는 선악(善惡)의 개념을 담지 않은 가치중립적 의미를 가지고 있으나 '컴퓨터 지식을 이용하여 남의 정보 체계에 침입하거나 범죄를 저지르는 사람'이라는 부정적인 뜻으로 많이 쓰이고 있다. 일부 컴퓨터 전문가 공동체에서는 해커가 부정적인 의미로 쓰이는 것은 잘못이며, 컴퓨터 지식을 이용해 불법을 저지르는 사람을 크래커(cracker)라고 불러야 한다고 주장한다. 또한 리누스 토르발스, 리처드 스톨먼, 에릭 레이먼드 등의 저명한 프로그래머를 해커라고 부르기도 한다.


일반인들은 크래커를 해커라고 잘못알고 있음.

해커는 본래 해박한 지식을 가진 프로그래머임