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1장 아비도스 - 아비도스 학원 폐원, 호시노 잡혀가고 시로코도 이와 관련되서 끌려가서 실험당하고 타락함. 기존 아비도스 위치에 게마트리아 관련 학원 생기면서 세력 확대의 기회를 노림


2장 밀레니엄 - 아리스 회수 실패로 게임개발부 부원 부족상태서 G-bible 획득 실패, 실적 내지 못하고 게임개발부 해체되고, 부원과 실적이 없다는 이유로 동아리 해체되는걸 본 다른 동아리들이 세미나에 반감 갖게 되면서 밀레니엄 내전 암시


3장 게헤나, 트리니티 - 에덴 조약 테러당한 상태서 연방학생회도 사태해결에 급급하다보니 상황을 정리하지 못해서 두 학교가 서로 탓하면서 관계 악화되고 학교간 전쟁 발발
그 결과 게헤나, 트리니티 둘다 공멸


3장 이후 미래의 어느 장 밀레니엄 - 2장때 뿌린 떡밥이 회수되면서 밀레니엄 내전 발발. 밀레니엄 몰락


키보토스 3대학교가 이런 저런 사유로 세력 약화되면서 게마트리아 쪽에서는 세력 확장하기 쉽게 판 깔리고, 연방학생회는 게마트리아 대항하면서 싸울 학생들을 모집하지만 내분, 전쟁 등으로 인원이 소실되어서 충분한 전력을 확보하지 못하고 게마트리아에 패배.

연방학생회장은 중상 입은 상태서 왜 이렇게 되었는지 생각하다가 자기 구하러 온 선생을 보고 자기가 선생을 막았던게 문제였단걸 깨닫고 전철에서 마지막 고백 후(프롤로그 장면) 시간을 과거로 돌리고 행방불명됨(시간을 돌린 대가를 치르는건지, 선생 방해 안하려고 스스로 잠적한건지는 아직 모름)