[일반] R로 Logistic GLMM 돌리는데 엄청 오래걸리네

[조선니체(jinseob2kim)]

신경과 교수님 의뢰로, 행수 4500만 데이터 GLMM 돌리는데 엄청 오래걸리네.(stata로는 실행안된다고해서 의뢰옴)

lme4 glmer로는 아래처럼 calc.deriv = F 랑, nAGQ=0 하면 빨라진다고 해서 했는데도 3시간30분 걸림.

Generalized linear mixed model fit by maximum likelihood (Adaptive Gauss-Hermite Quadrature, nAGQ = 0) ['glmerMod']
Family: binomial  ( logit )
Formula: wmhpost ~ group1 + precvr + (1 | sub_id)
   Data: a
Control: glmerControl(calc.deriv = F)



glmmTMB 패키지쓰니까 20분정도로 빨리되는데 결과가 glmer이랑 꽤 차이나서 난감..

glmer아무옵션 없이 실행시켜놓고 나왔다.

[조선니체(jinseob2kim)]

GEE 는 아예안돌아가고 서버터짐

[ㅌㅂ(67.218)]

아재... 근데 신상노출 하면서 디시 하시는거 같은데 괜찮나요

[조선니체(jinseob2kim)]

아재 걱정해줘서 고마우이 ㅠ

[익명(1.227)]

프갤에서 본 듯한 고닉인데

[김옥균(jinseob2kim)]

맞다

[익명(221.155)]

이런건 뭘로해야하나 SAS?

[김옥균(jinseob2kim)]

SAS glimmix 쓰면되는데, 얼마나 빠른지는 모르겠다. R로 5시간만에 결과 나오긴했는데, 패키지마다 결과가 달라서 고민

[tpptpp(tpptpp)]

아무래도 CPU로 돌리니까... - dc App

[익명(110.15)]

원래 오래걸림

[익명(110.15)]

근데 그정도 크기면 서버에 올려서 돌리지 않나 glmer나 glmmTMB나 병렬학습 다 되는걸로 알고있는데

[김옥균(jinseob2kim)]

서버에서 돌리는게 이거임. glmer도 병렬가능? glmmTMB는 병렬옵션써서 했음

[흑어공주해적단(sogumi)]

아예 병렬패키지 써서 작업해 - dc App

[김옥균(jinseob2kim)]

mclappy?