-log10 p value vs log 2 fold change 로 데이터시각화 하려고 합니다.
데이터는 농도를 다르게 한 샘플의 대사체 측정 데이터인데요
5가지 다른 농도의 데이터를 사용하게되면
1. 농도별로 달라지는 해당 대사체 측정 값으로 p value(anova) 구해서 사용하면 될까요?
2. fold change의 경우 가장 낮은 농도를 기준으로 농도별로 구했는데, volcano plot에는 가장 높은 농도의 fold change를 적용하면 될까요?
3. 마지막으로 x axis를 log2 scale로 사용하는데, 이것에는 여러한 이유가 있던데 log 10 scale로는 잘 사용하지 않습니까?
대학원생인데 통계 지식이 없어 막막합니다 ㅠ
- dc official App
volcano plot은 bioinformatics 쪽에서 많이 써는 방법이라, 통계학과 소속인 사람중에 잘모르는 사람이 많습니다. 아마 bioinformatics 쏙 커뮤니티나 게시판에 질문하면 더 빨리 답을 받을 수 있을거에요.