일반열차 20분배차는 새마을까지 합쳐야 20분 나오고 그마저도 서울과 용산역으로 종착역이 이원화되어 있기 때문에 실제 체감 배차는 훨씬 길어짐. 거기에 열차 타려고 하는 그 역이 선택정차역이다? 이런 경우는 별수없이 시간표 보고 타야됨.
또한 환승편의도 열악한데 기본적으로 일반열차들은 전철 환승하려면 무조건 대합실까지 나가서 전철 개찰구 통해서 환승을 해야 하는데 이러면 광역전철끼리 환승하는 것에 비해 훨씬 비효율적인 동선을 가짐.
이러한 불편함이 있지만 무궁화를 타기 꺼리게 되는 가장 큰 문제는 무궁화랑 전철이 별도 요금을 사용한다는 것임. 가령 두정역에서 시청역으로 가는 경우를 생각하면 전철타면 요금 한번만 물면 되는데 비해 무궁화를 탄다고 하면 두정역에서 전철요금 한번 물고, 성환역에서 무궁화 요금 물고, 서울역에서 환승 안돼서 또 전철요금 물어야됨. 그럼에도 무궁화가 신쾌속같은 서비스를 제공한다? 글쎄...