JR 홋카이도 - 홋카이도 지방(차후 홋카이도 신칸센을 도호쿠 지방에서 운영)

 JR 동일본 - 도호쿠 지방 및 간토 지방, 고신에쓰 지방 일부(도호쿠·야마가타·아키타 신칸센, 조에쓰 신칸센, 호쿠리쿠 신칸센 운영)

 JR 도카이 - 도카이 지방 및 고신에쓰 지방 일부, 시가 현 일부(도카이도 신칸센을 간토와 긴키 지방에서 운영)

 JR 서일본 - 호쿠리쿠 지방, 긴키 지방, 주고쿠 지방, 니가타 현과 나가노 현 일부(산요 신칸센을 규슈 지방에서 운영, 호쿠리쿠 신칸센 운영)

 JR 시코쿠 - 시코쿠 지방

 JR 큐슈 - 규슈 지방(규슈 신칸센 운영)


 나가노 현의 경우에는 혼슈 3사 구역이 모두 존재하는데, 나가노 현의 오이토 선 일부 구간이 JR 서일본에서 관할 담당함.