하지만 운임체계 대해서는 잡음이 많다.1단계 구간에서 2단계 구간으로 넘어갈 때 기본요금이 또 한번 부과되기 때문이다. 버스와 비교하자면 광교에서 강남으로 가는 광역급행버스의 운임이 신분당선보다 더 싸다.  

하지만 광역급행버스는 입석이 금지되어있고 교통체증이 생기면 시간이 더 오래 걸리지만 신분당선은 수송량이 월등하고 높고 버스보다 빠른 시간에 강남에 접근할 수 있는 점에서 오히려 두 번의 운임부과는 정당하다고 보는 시각도 있다.  

이러한 문제점이 지적하자 경기철도 주식회사는 원래 운임에서 300원을 할인하기로 했다. 이 점에 대해서는 지역주민과 이용객의 지속적인 협의로 문제해결이 필요하다고 본다.

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그정도되면 좀 비싸도 타고다니지 않을까?
광교까지 2650원만 되도 m버스랑 비슷