3편 이후로 바로 시작한다는 가정하에
인트로는 수호기사들(다이노봇)이 어쩌다 쿠인테사의 지팡이를 훔치게됐는지 설명하고 지구로 와서 은둔하고 있다가 멀린이 우연히 동굴에 들어오면서 지팡이 손에 넣는 장면으로 시작하고

쿠인테사가 메가트론 시체 회수한다음 갈바트론으로 되살려내서 지팡이 찾아오라고 함

시카고 사건이후 숨어지내던 옵티머스랑 케이드랑 만나서 어찌어찌 화해하고 오토봇들 다시 모으고

5편에서처럼 디셉티콘들이 지팡이가지고 떠드는거 인간들이 도청해서 메가트론이랑 협상해서 감시하에 디셉티콘 잔당들 석방하는 조건으로 옵티머스 조지기로 함


옵티머스는 오토봇들이랑 같이 디셉티콘들과 싸우다가 파워업한 갈바트론한테 줘터지고 끌려감. 덤으로 감시하던 미군들도 전멸

한편 오토봇들이랑 튀던 케이드앞에 갑자기 한니발 렉터가 나타나서 트랜스포머와 지구의 역사를 알고싶지않나? 라며 주절주절 떠들어댐. 어찌어찌 돼서 지팡이 찾다보니까 사실 케이드가 멀린의 후손이였다는 개뜬금없는 반전이 나오고 멀린의 지팡이가 케이드네 창고 구석에 쳐박힌 서스펜션이였음

갈바트론에 의해 쿠인테사가 타고 온 우주선으로 끌려온 옵티머스는 감금당하다가 케이드가 구출하러 와서 탈출해서 갈바트론이랑 리벤지 매치 떠서 간신히 이기고 쿠인테사한테 개기는데 당연히 상대도 안됨. 근데 갑자기 가슴팍을 팍 열더니 매트릭스 꺼내서 자폭 함.

케이드 포함 오토봇들 모두 씁쓸한 표정으로 폭발한 우주선을 올려다보는데 하늘에서 뭔가 살랑살랑 내려오는데 보니까 매트릭스임

범블비가 그걸 받아들더니 핫로드한테 건내면서 핫로드가 받아들이고 새로운 프라임이 됨. 오토봇들은 '뎃데로게 새로운 오토봇 수호자의 탄생인데스' 하고 기뻐하고 영화 끝나면서 우주에서 둥둥 떠다니는 옵티머스 시체를 유니크론이 회수하면서 후속작에 네메시스 프라임으로 등장할거란걸 암시함