1772년 러시아 제국은 폴란드의 제1차 분할을 주도하여 "17세기 프로이센에서 남부 우크라이나까지 광활한 영토를 확장했던 대왕국을 유럽의 지정학적 지도에서 지웠다." 이 과정에서 러시아 제국은 "세계 최대의 유대인 집단체를 해체"시키는 결과를 초래했다. 폴란드 유대인은 세 지역으로 분할되었는데, 포젠 지역은 프로이센, 갈리시아는 오스트리아, 폴란드 본토는 러시아 제국의 통치 하에 놓였다. 폴란드 본토에서는 국민이 몰락한 원인을 찾기 위해 내부적 갈등에 빠졌고, 이스라엘 프리들란더에 따르면 "유대인 문제가 주목받지 않을 수 없었다."

특별 위원회의 조사 결과, 분할 직전 수십 년간 폴란드 유대인 인구가 급증해 전체 인구의 20%에 달했으며, 수출의 75%를 유대인이 장악한 것으로 드러났다. 또한 과밀화된 도시를 떠나 농촌으로 진출한 유대인들이 농민에게 독점적으로 술을 판매하며 생계를 유지하고 있었다. 1774년에는 비유대인 상인들이 러시아 당국에 유대인의 민족적 네트워크가 수출 독점을 유지하며 소비자에게 악영향을 미칠 것이라 경고했다. 이 같은 사실이 1775년 바르샤바 유대인 추방의 주요 동기가 되었으며, 19세기 초까지 폴란드인과 유대인 간의 대립이 이어졌다.

1807년 나폴레옹이 바르샤바 공국을 설립했으나, 유대인들은 "특이한 특성을 버리기 전까지" 새 헌법의 혜택을 받지 못해야 한다는 현지 여론에 따라 상황은 개선되지 않았다. 1813년 공국 정부는 유대인의 술 판매 독점을 타파하기 위해 농촌에서의 유대인 주류 판매를 금지했고, 이로 인해 수만 명의 유대인 상인들이 활동을 중단했다. 1815년 나폴레옹의 러시아 침공 실패로 공국이 해체되자 폴란드 유대인들은 아쉬움을 표시하지 않았다.

1815년 말 빈 회의에서 러시아 주권 하의 자치 폴란드 왕국 설립이 합의되었다. 대다수 유대인은 새 왕국 내에 남았지만, 수만 명이 러시아 제국 다른 지역으로 유입되며 긴장된 러시아-유대인 관계의 시대가 시작되었다. 러시아 정부는 원치 않는 유대인 유입을 막기 위해 서부 변경 지역에 "정착촌(pale of settlement)"을 설정했다. 이 구역은 완전히 폐쇄되지 않았으며, 일부 유대인은 외부 거주가 허용되었고 무역 박람회 참석도 가능했다. 대학 진학 역시 할당량 내에서 허용되었다. 1860년까지 전 세계 유대인 절반 이상이 이 구역에 거주했다.

빈 회의 이후 러시아 제국 내 유대인들은 중간상인 역할을 주로 수행했다. 일부 도시에서는 "기독교 상인보다 유대인 상인이 수적으로 우위"를 점했으며, 주류 거래도 점차 회복되었다. 클라이어에 따르면 1830년 벨라루스 유대인들은 무역을 "완전히 장악"한 상태였다. 1980년대 후반 클라이어의 연구는 1914년 이전 러시아-유대인 관계의 기원을 밝혔다. 캔자스 카톨릭 가정 출신의 클라이어는 유대인 묘사에 대한 감상적 단순화를 거부하고, 차르 정부가 유대인 정착지를 "질서 있고 생산적으로 만들려 했다"고 강조했다. 또한 정착촌은 "극단적 정통파 유대인의 배타성"에 직면한 러시아 정부의 유일한 대응이었다고 설명했다.

1841년 러시아 유대인 사회에 대한 조사에서 세 가지 문제가 제기되었다. 첫째는 유대인의 독특한 복장, 언어, 종교·공동체 조직이었으며, 이는 "선민 사상"과 결합해 반기독교적 탈무드 해석을 교육하는 체계로 이어져 유대-비유대인 관계를 해쳤다. 둘째는 탈무드가 "비유대인에 대한 사기와 착취를 정당화하는 경제 관행"을 조장했다는 점이었다. 이는 막스 베버의 '내부 윤리'와 '외부 윤리' 이론과 맞닿아 있었다.[A22] 셋째는 유대인의 충성도 문제였다. 러시아 유대인들은 폴란드 분할 이전의 카할(유대 자치기구)을 유지했으며, 이 기구는 러시아 정부와 별개로 운영되었다. 세금 징수 기능은 용인되었지만, 유대인들은 여전히 유대 법정에 의존했다.

클라이어는 "국가와 사회가 유대인을 개혁해 제국의 충실한 신민으로 만들 필요성"에 공감했다고 지적했다. 알렉산더 1세(1801–25)는 유대인이 중간상업을 버리고 농업 식민지에 참여하도록 유도했으나, 변경 지역 경제에서 유대인의 영향력은 변하지 않았다. 니콜라이 1세는 1844년 카할을 금지하며 유대인 배타성 타파에 나섰다. 카할의 상호 지원 체계는 "쿨라크보다 우월한 경쟁력"의 원인으로 지목되었다.[A27] 생산적 사업에 종사하는 유대인에게 시민권을 확대했으나 참여는 미미했고, 국가 지원 학교는 오히려 반체제 유대인 지식인을 양성하는 결과를 낳았다.

알렉산더 2세는 1861년 농노제를 폐지하고 유대인 교육권·거주권을 확대하는 화해 정책을 펼쳤다. 언론에서는 유대인 완전 해방론이 제기되기도 했다. 그러나 1863년 폴란드 반란 시 부유층 유대인 일부가 반군을 지원하며 충성도가 재차 의심받았다. 농민 보호 차원에서 주류 판매 규제와 유대인 징병 강화가 이어졌다. 클라이어는 유대인의 토지 소유 금지 주장에 반박하며 "정착촌 내 세금 체납으로 매각된 농민 토지 구매는 여전히 가능했다"고 증거를 제시했다.

알렉산더 2세 통치기가 거의 끝나갈때쯤, 유대인 정책에 대한 환멸이 확산되었다. 대다수 유대인은 비생산적 직업을 고수했고, 러시아 문화에 대한 반감을 버리지 않았다. 일부 언론은 정착촌 해체를 주장했으나, 농민 보호를 우려한 반대도 존재했다. 오데사에서는 유대인 학생이 기독교인을 "학교에서 몰아내고" 점유한다는 보고가 잇달았다.

알렉산더 2세 암살 전야까지 러시아의 유대인 문제는 미해결 상태였다. 수십 년의 법적 개혁에도 유대인 사회는 민족적·정치적·문화적 동질성을 유지했다. 신흥 유대인 지식인들은 동화를 거부하고 집단 이익을 옹호했으며, 교육 기관과 자본 시장을 압도했다. 1879년 유대인 완전 해방을 요구하는 랍비 위원회의 로비는 농민 계층의 우려를 자극했다.