해자대 잠수함의 임무는 1,000마일 해상교통로 방위개념의 일환인 Hunter-Killer 작전을 수행하는 것이다. 이는 수상함 세력 및 육상기지의 대잠세력과 더불어 외양에서의 대잠전을 의미하는 즉, 잠수함부대는 주요 해협의 경계 및 방비를 담당하고, 일본의 해상교통 안전을 확보하기 위해서 필요한 경우 쏘야, 쓰가루 및 쓰시마의 세 해협에 잠수함을 각각 2척씩 배비하고, 잠수함의 모항과 경계 및 방비를 담당하는 해역과의 지리적 관계를 고려, 6개대 16척을 보유한다는 것이다.

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지금은 22척으로 늘긴 했지만 전수방위를 기본으로 한 작전개념 자체는 그대로 유지되고 있을거임.