판옥선은 당시의 다른 배들에 비해 상당히 느렸고 이로 인해 전투에서 특히 더 빠르고 민첩한 선박에 대한 효과가 떨어졌다


또한 판옥선의 평평한 바닥은 거친 바다에서 덜 안정적이어서 심각한 단점이 될 수 있다