1593년 8월이순신이 신설된 삼도수군통제사직에 임명되어 지휘권을 장악하자 크게 반발해, 이듬해 12월 충청병사로 전출되었으며, 얼마 뒤에는 전라좌병사로 전속되었다.

병사로 재직 중에도 여러 차례 수군 작전에 관한 계획을 조정에 건의하였다.

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원균은 수군을 떠났으면 미련을 버리고 수군의 작전에 관한 건의를 조정에 안했어야 했었는데.

이순신이 파직된 후 원균이 통제사에 임명된 뒤에 본인이 건의한데로 안하니까 권율한테 곤장 맞고 해서 졸닥 망한거지.

원균이 수군을 떠난 이후에도 수군에 대한 미련을 못버려서 망해버렸네요. 이게 원균의 가장 큰 잘못이라고 봐야할 것 같네요. 조정 건의 때문에 도원수 권율, 이순신도 난처했을 거구