저도 궁금해서 찾아보니 글이 나오네요.
간단하게 말해서 동해 수심이 깊어도 지속적으로 그쪽은 화산활동(해저화산)이 심해서 퇴적물이 쌓여서 섬이 형성돼서 지금 남아있는게 울릉도, 독도인거 같고

http://mdl.dongascience.com/magazine/view/S201405N014

서해는 빙하기 전엔 넓은 평야지대라서 고지대가 없어서 그런 거 같아요. 중국 평야가면 산 하나도 없이 넓은 들판만 있듯이. 그때 기준으로는 우리가 살고 있는 평지도 고지대였겠죠

http://m.pub.chosun.com/mobile/news/view.asp?cate=C03&mcate=m1004&nNewsNumb=20151018458&nidx=18510

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