초기에는 사단 사령부와 사령부 직할대, 육군 제1100건설공병지원단 "서희"(2003년 4월 15일 창설)와 제320의료지원단 "제마", 그리고 각각 특전사 인원이 주축인 2개 민사(또는 재건지원)대대와 각 특공대에서 차출된 대원들로 구성된 1개 경비 대대, 그리고 장갑차 중대가 편성된 11민사여단(111, 112 재건지원대대, 113경비대대)과 12민사여단(121, 122 재건지원대대, 123경비대대)으로 구성되었다. 사단 사령부의 경비는 해병대 지원병으로 구성된 1개 경비중대가 맡았다. 해군은 의무 병과와 UDT/SEAL 인원을 보냈다. 부대의 총 규모는 약 3,600여명이었다. 공군은 자이툰 부대와 독립된 제58항공수송단 "다이만" 부대를 편성, 자이툰 부대에 군수 및 병력을 공수하여 지원하였다.
3.1. 사단직할대[편집]
본부대
경비중대[3]
공병대대
헌병대
3.2. 제11민사여단[편집]
제111재건지원대대(육군 특전사)
제112재건지원대대(육군 특전사)
제113경비대대(육군 특공대)
3.3. 제12민사여단[편집]
제121재건지원대대(육군 특전사)
제122재건지원대대(육군 특전사)
제123경비대대(육군 특공대)
3.6. 경비대대[편집]
특공대 대원들로 구성되었다. 제2작전사령부 예하 특공여단 201, 203, 205의 특공대대가 한 대대씩 돌아가며 각기 6개월간 이라크 자이툰사단의 경비대대로 임무수행을 하였다.이 경비대대는 11민사여단, 12민사여단에 각각 1개 대대씩 존재하였고 육군 특전사의 재건지원대대와 함께 각 민사여단의 핵심적인 임무수행을 하는 중요부대였다. (113경비대대, 123경비대대)
4. 지원부대[편집]
대한민국 해군
UDT/SEAL
대한민국 공군
제58항공수송단(다이만)[4]

2대의 C-130 수송기를 사용하여 대한민국-필리핀-태국-인도를 경유하여 쿠웨이트 알리 알 살렘 공군기지까지 왕복하며 수송지원을 시행하였다. 2004년 8월 자이툰 부대 파병과 함께 창설되어 2008년 12월 19일 마지막 귀국 비행을 끝으로 4년 3개월간의 임무를 마치고 해산되었으며, 임무 기간동안 병력 4만3천여명과 군수물자 4천600여t을 수송했으며 지구 86바퀴에 해당하는 총 340만km를 비행했다.
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